Nye mikrobiologiske metoder - 2020->

Det vigtigste nye output er, at metoden til bestemmelse af bioburden på lavkimholdige produkter testes som prøveforberedelses-trin ifb. DNA-oprensning til 16S analyser. Forskellige filtreringsteknikker, filtertyper og pore-størrelser testes på fødevarematricer med kendt og/eller ukendt indhold af bakterier. Der testes ligeledes forskellige fødevarematricer, bl.a. varierende kød- og grøntsags-fraktioner.

Litteraturen ang. fødevarebårne sygdomsudbrud følges og pt afventes den årlige europæiske zoonose rapport for 2019 (EFSA), som udkommer i slutningen af december 2020.

I Danmark, blev der i 2019 registreret 51 fødevarebårne sygdomsudbrud med 1.929 tilfælde ifølge DTU Fødevareinstituttet’s årlige zoonose rapport. Størstedelen (63%) af udbruddene var regionale og/eller lokale. 18 udbrud var nationale, hvoraf 4 var internationale. Den hyppigst forekommende kilde til sygdomsudbrud var ”restauranter” (29%).

Top fem mikroorganismer, der var årsag til fødevare- og vand-relaterede sygdomsudbrud i 2019 var:

1.Norovirus (37,3%)

2.Clostridium perfringens (19,6%)

3.Campylobacter (17,6%)

4.Andre Salmonella serotyper (9,8%)

5.Salmonella Typhimurium (5,9%)

Den næste store aktivitet i projektet er, at der udarbejdes en slutrapport, som opsummerer observationer, fund og resultater gjort i løbet af 2020.

Det vigtigste nye output er, at der er udviklet og implementeret en akkrediteret metode til bestemmelse af mikrobiologisk belastning (bioburden) på lavkimholdige produkter som fx  svaberprøver (gaze eller vatpinde), emballage eller fødevarer med forventeligt lave kimtal.

Metoden skal desuden anvendes til analyse af behandlet procesvand i DRIP-projektet, hvor der ligeledes forventes lav mikrobiologisk baggrundsflora.

Metoden baseres på filtrerings-teknologi efterfulgt af inkubering af filtre på selektive og/eller ikke-selektive substrater. Perspektiverne ved bioburden-metoden er, at laboratoriet fremadrettet kan analysere større prøve-volumener og/eller svabre større områder og samtidig opnå højere følsomhed end traditionelle dyrknings-medier.

Den næste store aktivitet i projektet er, at metoden til bestemmelse af bioburden på lavkimholdige produkter skal testes som prøveforberedelses-trin i forbindelse med DNA-oprensning til 16S analyser.

Det vigtigste nye output er, at hurtigtest af patogener (Salmonella og Listeria monocytogenes ) ved Molecular Detection System (MDS) instrument fra 3M er gennemført. MDS metoden kunne påvise både Salmonella og Listeria i niveauer svarende til 10 CFU/25 g prøve i både fersk hakket kød samt forædlede produkter, der var spiket med bakterierne. 3M MDS metoden kunne i det afprøvede test-setup, påvise L. monocytogenes på ca. 30 timer, og Salmonella på ca. 12 timer.

Metoden er brugervenlig, men kræver praktisk oplæring for at mindske risikoen for krydskontaminering og signal-artefakter pga. ukorrekt prøvehåndtering.

Til optimering af 16S-analyse for identifikation af fordærvelsesbakterier i kødprodukter, er en cocktail af kendte og kødrelevante fordærvelsesbakterier sammensat. Denne cocktail anvendes til sammenligningsstudier og som positiv kontrol ved hver 16S-analyse og skal sikre valide og robuste resultater ved anvendelse af de hurtige 16S sekventeringsanalyser. 

Den næste store aktivitet i projektet er, at engangsflowceller (Flongles) til Minion skal afprøves til 16S sekventering. Testen skal vise, om mængden af sekvensdata og sekventeringskvaliteten er tilstrækkelig til identifikation af fx fordærvelsesbakterier, da den lavere pris gør flongles attraktive for anvendelse i rutinemæssige 16S analyser. 

Generelt nyt

Det mikrobiologiske laboratorium på DMRI er netop blevet gen-akkrediteret af DANAK og er nu overgået til den nye ISO-standard (ISO 17025:2017).

Hurtig test af patogener

DMRI har lånt et Molecular Detection System (MDS) instrument af 3M. Instrumentet er baseret på en LAMP-metode og kan på under 2 timer påvise (kvalitativ måling) tilstedeværelsen af fødevarepatogener fx Listeria og Salmonella i en prøve. Metoden lever op til kravene om påvisning af 1 CFU i 25 g færdigprodukt og er AOAC og ANFOR certificeret. Instrumentet bliver testet på hakket grisekød tilsat L. monocytogenes og Salmonella og vurderes på brugervenlighed og robusthed ift. om instrumentet er egnet til brug i fødevarevirksomheder som alternativ til dyrkningsbaserede metoder. Metoden er fortsat under afprøvning.

DNA-metoder

Engangsflowceller (Flongles) til Minion er under afprøvning til 16S sekventering. Flongles koster 1/10 af prisen sammenlignet med traditionelle flowceller, men har samlet mindre kapacitet (DNA-sekventeringen forløber langsommere og der produceres færre DNA-sekvenser). Testen skal vise, om mængden af sekvensdata og sekventeringskvaliteten er tilstrækkelig til identifikation af fx fordærvelsesbakterier, da den lavere pris gør flongles attraktive for anvendelse i rutinemæssige 16S analyser.

Til optimering af holdbarhedsvurderinger med 16S-analyse sammensættes en cocktail af kendte og kødrelevante fordærvelsesbakterier til kontrol, der skal sikre valide og robuste resultater ved anvendelse af de hurtige 16S sekventeringsanalyser